آیت‌الله حسین مظاهری از مراجع تقلید و رییس حوزه علمیه اصفهان در پیامی درگذشت آیت‌الله سید محمّد رجایی از استادان پیشکسوت حوزه علمیه قم را تسلیت گفت. در پیام آیت الله حسین مظاهری آمده است: رحلت عالم ربّانی و فقیه پارسا حضرت آیت‌الله آقای حاج سید محمّد رجایی «قدّس‌سرّه» موجب تآسّف گردید.
رییس حوزه علمیه اصفهان در پیام خود افزود: این شخصیّت پارسا و زاهد، عمر شریف خود را در ترویج معارف والای اهل‌بیت عصمت و طهارت «علیهم‌السّلام» و تعلیم و تربیت فضلاء و اساتید و تحکیم فقه آل‌محمد «صلوات‌الله‌علیهم‌اجمعین» مصروف داشته و آثار گرانقدری از خود بر جای نهادند.
آیت الله مظاهری افزود: این ضایعۀ مولمه را به بیت مکرّم و فرزندان محترم و همۀ شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم و از خداوند تعالی برای آن عالم جلیل‌القدر، علوّ درجات و رحمت واسعه و حشر با اجداد طاهرینشان «صلوات‌الله‌علیهم‌اجمعین» و برای خاندان مصاب و بازماندگان گرامی صبر و اجر و عزّت روزافزون مسألت می‌نمایم.